Библиографическое описание:Метаанализ транскриптомных данных клеток меланомы B16 после воздействия дакарбазином in vivo : научное издание / Е. З. Лапкина, И. С. Зинченко, Е. И. Бондар, Т. Г. Рукша. - Текст : непосредственный // Казанский медицинский журнал. - 2025. - Т. 106, № 5. - С. 776-786. - Исследование проведено с использованием денежных средств гранта Российского научного фонда (грант РНФ № 19-15-00110, https://rscf.ru/project/19-15-00110/). - ISSN 0368-4814. - ISSN 2587-9359, DOI 10.17816/KMJ678601.
Аннотация:Обоснование. Фенотипическая пластичность и гетерогенность клеток меланомы, обусловленные эпигенетической регуляцией и активностью транскрипционных факторов, играют ключевую роль в развитии резистентности к химиотерапии, что требует углублённого изучения молекулярных механизмов устойчивости к алкилирующим агентам, таким как дакарбазин. Цель исследования. Анализ транскриптомных данных клеток меланомы B16 после воздействия дакарбазином in vivo для выявления ключевых кластеров дифференциально экспрессирующихся генов и регулирующих транскрипционных факторов, ассоциированных с резистентностью к терапии. Методы. В исследовании использовали модель меланомы B16 у мышей C57Bl/6, разделённых на контрольную и опытную (дакарбазин в дозе 50 мг/кг) группы по 12 особей. Тотальную РНК экстрагировали из опухолевой ткани, проводили высокопроизводительное секвенирование с последующей биоинформатической обработкой для кластеризации генов и предсказания транскрипционных факторов — с использованием биоинформатических инструментов для анализа мотивов в последовательностях РНК. Результаты. С помощью NGS-секвенирования и биоинформатического анализа выявлено 670 дифференциально экспрессирующихся генов, объединённых в 12 функциональных кластеров, связанных с репарацией ДНК, апоптозом и клеточным циклом. Идентифицированы ключевые транскрипционные факторы (RELB, IRF5/7/4, NANOG, SOX2, LEF1, NFKB2), регулирующие сигнальные пути поддержания плюрипотентности (p=0,000001), Wnt (p=0,000753), TGF-β (p=0,002631), Toll-подобных рецепторов (p=0,000776) и NF-κB (p=0,044609), ассоциированные с развитием устойчивости клеток меланомы B16 к алкилирующему агенту дакарбазину in vivo. Заключение. Выявлены эпигенетические и транскрипционные механизмы устойчивости клеток меланомы к воздействию химиотерапевтических средств, включая поддержание стволового фенотипа, регуляцию иммунного ответа и активацию эпителиально-мезенхимального перехода.
BACKGROUND: Phenotypic plasticity and heterogeneity of melanoma cells arising from epigenetic regulation and the activity of transcription factors is pivotal in chemoresistance. Therefore, there it is necessary to explore the molecular mechanisms underlying resistance to alkylating agents, such as dacarbazine. AIM: This study aimed to analyze transcriptome profiles of B16 melanoma cells after in vivo treatment with dacarbazine to identify key clusters of differentially expressed genes and regulatory transcription factors associated with chemoresistance. METHODS: The study used a C57Bl/6 mouse model of B16 melanoma. The animals were randomly allocated into a control group and an experimental group, each with 12 mice. The experimental group was treated with dacarbazine at 50 mg/kg. Total RNA was extracted from tumor tissue, before high-throughput sequencing was performed. Data were subjected to bioinformatic processing for gene clustering and prediction of transcription factors for analyzing motifs in RNA sequences. RESULTS: NGS sequencing and bioinformatic analysis yielded 670 differentially expressed genes, which were organized into 12 functional clusters related to DNA repair, apoptosis, and cell cycle. A comprehensive analysis identified key transcription factors (RELB, IRF5/7/4, NANOG, SOX2, LEF1, and NFKB2) that regulate signaling pathways essential for maintaining pluripotency (p = 0.000001), Wnt (p = 0.000753), TGF-β (p = 0.002631), Toll-like receptors (p = 0.000776), and NF-κB (p = 0.044609) associated with B16 melanoma cell resistance to the alkylating agent dacarbazine in vivo. CONCLUSION: The findings of this study indicated that the epigenetic and transcription mechanisms of chemoresistance in melanoma cells involves maintenance of the stem cell phenotype, regulation of the immune response, and activation of the epithelial-mesenchymal transition.
Издательство:Казанский государственный медицинский университет, ООО "Эко-Вектор, Казань
Источник:Казанский медицинский журнал
Выпуск:Т. 106, № 5
Номера страниц:776-786
Держатель оригинала документа:Красноярский государственный медицинский университет им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого, Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук, Сибирский Федеральный университет
Количество экземпляров:
Твёрдая копия издания отсутствует в фонде библиотеки
