В состав библиотечного фонда Научной библиотеки СФУ входят коллекции книг из личных библиотек выдающихся учёных: академика Наума Петровича Абовского, профессора Иосифа Исаевича Гительзона, архитектора Эдуарда Михайловича Панова, географа Соломона Борисовича Слевича, красноярского библиофила Василия Ивановича Горлова; коллекции книг, подаренные учреждениями и организациями: Красноярский Дом архитектора, Минцветметзолото, Московский институт цветных металлов и золота имени М. И. Калинина. Среди них — книги, редкие по художественному оформлению, репринтные, малотиражные, образцы полиграфического исполнения, переплётного искусства, миниатюрные и малоформатные издания.

Библиотека является владелицей ряда ценных справочников конца ХIХ — начала ХХ вв.: универсальных изданий Брокгауза и Ефрона, братьев Гранат, многотомного «Справочника Бейльштейна по органической химии» (27 основных томов и 31 дополнительный) самого объёмного многотомного справочника по органическим соединениям в мире.

Полная информация об имеющихся книгах, журналах, газетах в фонде библиотеки содержится в Электронном каталоге