Библиографическое описание:РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ СОСНЫ ОБЫКНОВЕННОЙ С ДЛИННЫМИ МОТИВАМИ НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО <i>de novo</i> СЕКВЕНИРОВАНИЯ : научное издание / Н. В. Орешкова [и др.]. - Текст : непосредственный // Сибирский лесной журнал. - 2025. - №1. - С. 23-33. - Работа выполнена в рамках государственного задания ФИЦ КНЦ СО РАН по теме «Геномные, популяционные и метагеномные исследования лесных биоценозов.Таксономический и филогенетический анализ растительных сообществ лесных экосистем» № FWES 2025 0015. - ISSN 2311-1410. - ISSN 2312-2099, DOI 10.15372/SJFS20250103.
Аннотация:Благодаря современным методам полногеномного секвенирования стала возможной разработка большого числа ДНК-маркеров, как селективно-нейтральных, так и функциональных. Наиболее информативными, воспроизводимыми, относительно недорогими и высокополиморфными являются микросателлитные локусы, или SSRs (Simple Sequence Repeats). Полногеномное секвенирование значительно облегчает их поиск и разработку. Статья посвящена разработке новых микросателлитных маркеров для сосны обыкновенной ( Pinus sylvesrtis L.). Из полученной черновой геномной сборки сосны обыкновенной были отобраны несколько тысяч контигов, содержащих микросателлитные локусы с нуклеотидными мотивами. Поиск был специально сфокусирован на локусах с длиной мотива более двух нуклеотидов как наиболее надежных для генотипирования даже в простом гель-электрофорезе. Всего протестировано 39 пар праймеров, из них отобраны 6 локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами, показавших высокий уровень полиморфизма, надежное генотипирование. Они были дополнительно протестированы в двух популяциях из Северо-Енисейского и Курагинского районов Красноярского края и сравнены с другими популяциями и наборами маркеров по опубликованным данным. Разработанные маркеры могут быть использованы в различных популяционно-генетических исследованиях и для идентификации происхождения древесины и растительного материала.
Modern methods of whole-genome sequencing have made it possible to develop a large number of DNA markers, both selectively neutral and functional. Microsatellite loci are the most informative, reproducible, relatively inexpensive and highly polymorphic among other genetic markers. Whole-genome sequencing significantly simplifies their search and development. The article is devoted to the development of new microsatellite markers for Scots pine ( Pinus sylvesrtis L.). Several thousand contigs containing microsatellite loci with tri-, tetra- and pentanucleotide motifs were selected in the draft genome assembly of Scots pine obtained by the authors. The search was specifically focused on loci with a repetitive motif length longer than two nucleotides, as the most reliable for genotyping even in a simple gel electrophoresis. A total of 39 primer pairs were tested. Of these, six loci with tri-, tetra- and pentanucleotide repeats were ultimately selected, which showed a high level of polymorphism, reliable genotyping, and were additionally tested in two populations from the Severo-Yeniseisky and Kuraginsky districts in Krasnoyarsk Region (East Siberia, Russia) and compared with other populations and marker sets according to published data. The developed markers can be used in the future in various population genetic studies and for identifying the origin of wood and plant material.
Издательство:Красноярский научный центр СО РАН, Красноярск
Источник:Сибирский лесной журнал
Выпуск:№1
Номера страниц:23-33
Держатель оригинала документа:Воронежский государственный лесотехнический университет им. Г.Ф. Морозова, Гёттингенский университет им. Георга-Августа, Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Красноярский научный центр СО РАН, Красноярский научный центр СО РАН, Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, Сибирский федеральный университет
Количество экземпляров:
Твёрдая копия издания отсутствует в фонде библиотеки
