Библиографическое описание:Анализ транскиптома в онкологии и дерматологии : научное издание / Е. Ю. Сергеева, Ю. А. Фефелова, Я. В. Бардецкая. - Текст : непосредственный // Молекулярная медицина. - 2022. - Т. 20, № 1. - С. 3-8. - ISSN 1728-2918. - ISSN 2499-9490, DOI 10.29296/24999490-2022-01-01.
Аннотация:Актуальность. Персонифицированный подход к терапии болезней позволил выделить нескольких подтипов заболевания, отличающихся при схожей клинической картине молекулярными механизмами развития. Для определения фенотипов болезней используются различные омиксные технологии, включающие геномику, эпигеномику, транскриптомику, протеомику. Транскриптомика - это исследование полного профиля РНК, кодируемого геномом отдельной клетки в специфическое время или в специфических условиях. Цель обзора - обобщить современные данные о перспективных методах исследования транскриптома - микрочипировании (microarray) и секвенировании (секвенирование нового поколения), раскрыть преимущества и особенности каждого метода, применение их в дерматологии и онкологии. Материал и методы. Материалами послужили результаты исследований по данной теме отечественных и зарубежных авторов и собственные опубликованные данные за последние 13лет (2007-2020). Анализировались публикации, входящие в базы данных PubMed, EMBASE, MedLine. Результаты. В статье обобщены современные данные о микрочипировании и секвенировании нового поколения в контексте исследований транскриптома. Выбор метода обусловлен особенностями исследования и задачами, стоящими перед исследователями. В последние годы исследования транскриптома применяются во многих областях медицины, в частности, онкологии и дерматологии, способствуя созданию индивидуальных подходов к лечению и более точному прогнозу течения заболеваний. Заключение. Транскриптомные исследования, позволяя оценивать изменения профиля экспрессии генов в ответ на действие этиологических факторов, расширяют представления о патогенезе заболеваний, что должно способствовать повышению эффективности терапии.
Personalized therapy allows to reveal subtypes of diseases with similar symptoms but various molecular mechanisms of development. Different -omics (genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics ets) are used to divide the diseases into subtypes. Transcriptomics is the investigation of whole RNA profile coding by the genome of single cell in specific time period or under specific circumstances. Transcriptome is all RNA transcripts produced by the genome in some time. The aim of the review is to summarize the modern data on perspective methods of investigation - microarray and next generation sequencing (NGS), to disclose the advantages and peculiarities of every method and the use in dermatology and oncology. Material and methods. The materials are the results of the investigations on the theme of russian and foreign researchers and ours published data over the past 13 years, from 2007 till 2020. The data was obtained from biomedical on-line databases PubMed, EMBASE, MedLine. Results. Modern data on microarray and next generation sequencing in the context of transcriptome investigations are summarized in the article. The choice of method is based on the peculiarities and tasks of the investigation. Recently transcriptome investigations are used in many medicine fields including oncology and dermatology that promotes the development of personalized therapy and precise prognosis of diseases. Conclusion. Transcriptome investigations allow to assess the alterations of gene expression profile after the influence of etiologic factors that extends the understanding of diseases pathogenesis and leads to the increased effectivity of therapy
