Использование гетеродуплексного анализа для скринингового выявления соматических мутаций в экзоне 9 гена CALR у пациентов с Ph-миелопролиферативными новообразованиями : научное издание

Субботина Т. Н.; Курочкин Д. В.; Маслюкова И. Е.; Хазиева А. С.; Васильев Е. В.; Михалёв М. А.; Дунаева Е. А.; Миронов К. О.

Дополнительные ссылки: eLibrary · Scopus. All Open Access, Gold

База данных: Каталог библиотеки СФУ

Библиографическое описание: Использование гетеродуплексного анализа для скринингового выявления соматических мутаций в экзоне 9 гена CALR у пациентов с Ph-миелопролиферативными новообразованиями : научное издание / Т. Н. Субботина [и др.]. - Текст : непосредственный // Онкогематология = Oncogematologiya. - 2021. - Т. 16, № 2. - С. 48-55. - ISSN 1818-8346. - ISSN 2413-4023, DOI 10.17650/1818-8346-2021-16-2-48-55.

Аннотация: Введение. В соответствии с клиническими рекомендациями Всемирной организации здравоохранения анализ соматических мутаций в гене CALR, как и мутаций в генах JAK2 и MPL, включен в перечень критериев диагностики Ph-миелопролиферативных новообразований.В гене CALR выявлено более 50 различных вариантов мутаций, среди которых наиболее распространенными являются делеция 52 (c.1092_1143del) и вставка 5 пар оснований (c.1154_1155insTTGTC) (88 %). Оставшиеся 12 % включают другие варианты делеций/вставок или их комбинаций, которые либо уникальны, либо обнаружены у небольшого числа пациентов.Удобнее всего для выявления одновременно всех возможных вариантов мутаций CALR использовать методы секвенирования. Также актуально предварительное проведение дешевого скринингового теста, позволяющего выявить любые мутации в анализируемом фрагменте ДНК. Таким методом может стать гетеродуплексный анализ с последующим электрофорезом в полиакриламидном геле (ПААГ).Цель работы - разработать, клинически апробировать и продемонстрировать возможность использования метода гетеродуплексного анализа с последующим электрофорезом в ПААГ для выявления мутаций в экзоне 9 гена CALR в качестве скринингового теста.Материалы и методы. Для проведения скринингового исследования соматических мутаций в гене CALR методом гетеродуплексного анализа с последующим электрофорезом в ПААГ использовали образцы ДНК от 13 пациентов с различными фенотипическими вариантами Ph-миелопролиферативных новообразований и предварительно выявленными мутациями CALR. Для наиболее распространенных вариантов мутаций CALR (c.1092_1143del и c.1154_1155insTTGTC) был проанализирован порог определения доли мутантного аллеля. Нуклеотидную последовательность фрагмента экзона 9 гена CALR определяли с помощью cеквенирования по Сэнгеру. Также для оценки уровня аллельной нагрузки все 13 образцов были проанализированы с помощью метода пиросеквенирования.Результаты. Метод гетеродуплексного анализа с последующим электрофорезом в ПААГ позволил выявить мутации в экзоне 9 гена CALR у всех 13 пациентов. Порог определения доли мутантного аллеля для мутации c.1154_1155insTTGTC составил от 6,25 % аллельной нагрузки, для мутации c.1092_1143del - от 3,13 %.Заключение. Метод гетеродуплексного анализа с последующим электрофорезом в ПААГ подходит для скрининга любых вариантов делеций/вставок или их комбинаций в гене CALR. По наличию гетеродуплексов можно заключить о наличии мутации, даже если мутантный продукт не визуализируется в геле (в случае небольших мутаций).
Background. In accordance with the World health organization clinical guidelines, the analysis of somatic mutations in the CALR gene, as well as mutations in the JAK2 and MPL genes, are included in the list of criteria for the Ph-myeloproliferative neoplasms diagnosis.More than 50 different mutation variants have been found in the CALR gene, among which the most frequent are a 52 bp deletion (c.1092_1143del), also called type 1, and a 5 bp insertion (c.1154_1155insTTGTC), also called type 2 (88 %).The remaining 12 % are other type less frequent indels or combinations thereof.It is most convenient to use sequencing methods to identify all possible variants of CALR mutations. It is also important to develop inexpensive screening test that can detect any mutations in the analyzed DNA fragment of CALR gene. This method can be heteroduplex analysis followed by electrophoresis on polyacrylamide gel (PAGE).The objective: to develop and demonstrate the feasibility of using heteroduplex analysis with separation of the PCR product by electrophoresis on non-denaturing PAGE for the CALR exon 9 mutations detection as the screening test. Materials and methods. DNA samples of 13 CALR-positive patients with different phenotypic variants of Ph-myeloproliferative neoplasms were screened by heteroduplex analysis. For the most common variants of CALR mutations (c.1092_1143del and c.1154_1155insTTGTC), a threshold determination of the mutant allele presence was analyzed.Nucleotide sequence of exon 9 fragment was determined using Sanger sequencing. Also, all 13 samples were analyzed using the pyrosequencing method to assess the allelic burden level.Results. Heteroduplex analysis revealed mutations in exon 9 of the CALR gene in all 13 patients. The threshold determinations of the method in the case of the c.1154_1155insTTGTC and c.1092_1143del analysis are 6.25 % and 3.13 % of the mutant allele presence in the patient sample, respectively.Conclusion. The proposed variant of the heteroduplex analysis with separation of the PCR product by electrophoresis on non-denaturing PAGE can be recommended for use as the preliminary screening test which is carried out before the confirming sequencing methods for the different indels (or combinations thereof) CALR mutations determine.The presence of heteroduplexes indicates the presence of a mutation, even if the mutant product is not visualized (in case of small mutations).
Background. In accordance with the World health organization clinical guidelines, the analysis of somatic mutations in the CALR gene, as well as mutations in the JAK2 and MPL genes, are included in the list of criteria for the Ph-myeloproliferative neoplasms diagnosis. More than 50 different mutation variants have been found in the CALR gene, among which the most frequent are a 52 bp deletion (c.10921143del), also called type 1, and a 5 bp insertion (c.11541155insTTGTC), also called type 2 (88 %). The remaining 12 % are other type less frequent indels or combinations thereof. It is most convenient to use sequencing methods to identify all possible variants of CALR mutations. It is also important to develop inexpensive screening test that can detect any mutations in the analyzed DNA fragment of CALR gene. This method can be heteroduplex analysis followed by electrophoresis on polyacrylamide gel (PAGE). The objective: To develop and demonstrate the feasibility of using heteroduplex analysis with separation of the PCR product by electrophoresis on non-denaturing PAGE for the CALR exon 9 mutations detection as the screening test. Materials and methods. DNA samples of 13 CALR-positive patients with different phenotypic variants of Ph-myeloproliferative neoplasms were screened by heteroduplex analysis. For the most common variants of CALR mutations (c.10921143del and c.11541155insTTGTC), a threshold determination of the mutant allele presence was analyzed. Nucleotide sequence of exon 9 fragment was determined using Sanger sequencing. Also, all 13 samples were analyzed using the pyrosequencing method to assess the allelic burden level. Results. Heteroduplex analysis revealed mutations in exon 9 of the CALR gene in all 13 patients. The threshold determinations of the method in the case of the c.11541155insTTGTC and c.10921143del analysis are 6.25 % and 3.13 % of the mutant allele presence in the patient sample, respectively. Conclusion. The proposed variant of the heteroduplex analysis with separation of the PCR product by electrophoresis on non-denaturing PAGE can be recommended for use as the preliminary screening test which is carried out before the confirming sequencing methods for the different indels (or combinations thereof) CALR mutations determine. The presence of heteroduplexes indicates the presence of a mutation, even if the mutant product is not visualized (in case of small mutations). © 2021 ABV-Press Publishing House. All rights reserved.

Год издания: 2021

Авторы: Субботина Т. Н. , Курочкин Д. В. , Маслюкова И. Е. , Хазиева А. С. , Васильев Е. В. , Михалёв М. А. , Дунаева Е. А. , Миронов К. О.

Издательство: ООО "Издательский дом "АБВ-пресс, Москва

Источник: Онкогематология

Выпуск: Т. 16, № 2

Номера страниц: 48-55

Держатель оригинала документа: 2ФГБУ «Федеральный Сибирский научно-клинический центр Федерального медико-биологического агентства России», КГБУЗ «Краевая клиническая больница», КГБУЗ «Красноярская межрайонная клиническая больница № 7», ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, ФГАОУ ВО «Сибирский федеральный университет»

Количество экземпляров:

Твёрдая копия издания отсутствует в фонде библиотеки

Показать дополнительные сведения

Оценка чувствительности методов скрининга мутаций в экзоне 12 гена JAK2, основанных на… : научное издание

Субботина Т.Н. и др.
2024 год

СКРИНИНГ СОМАТИЧЕСКИХ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ JAK2 И CALR МЕТОДОМ АНАЛИЗА КРИВЫХ ПЛАВЛЕНИЯ С ВЫСОКИМ… : научное издание

Курочкин Д.В. и др.
2021 год

Использование гетеродуплексного анализа и пиросеквенирования в алгоритме диагностики истинной… : научное издание

Субботина Т.Н. и др.
2017 год

Случай выявления мутации в гене CALR у пациента с диагнозом истинной полицитемии и JAK2-негативным… : научное издание

Субботина Т.Н. и др.
2022 год

Сравнение методов фрагментного анализа и ПЦР-электрофореза для обнаружения мутаций FLT3-ITD у… : научное издание

Маслюкова И. Е. и др.
2022 год

Анализ мутаций в генах EPOR, VHL, EPAS1 и EGLN1, ассоциированных с семейными эритроцитозами ECYT1-4… : научное издание

Субботина Т. Н. и др.
2023 год

Анализ соматических мутаций в генах JAK2, CALR, MPL и ASXL1 и оценка их влияния на выживаемость… : научное издание

Субботина Т.Н. и др.
2023 год

Анализ мутаций в гене GBA у пациентов с болезнью Паркинсона Красноярского региона : научное издание

Субботина Т.Н. и др.
2023 год

Скрининг соматических мутаций в генах JAK2 и CALR методом анализа кривых плавления с высоким… : статья из журнала

Курочкин Д. В. и др.
2021 год

Значение мутаций гена C-KIT в диагностике и прогнозе течения злокачественных опухолей : научное издание

Рукша Т.Г. и др.
2021 год

Аллель-специфическая полимеразная цепная реакция и электрофоретическая детекция в алгоритме… : статья из журнала

Горбенко А. С. и др.
2018 год

A rare splice site mutation in the gene encoding glucokinase/hexokinase 4 in a patient with MODY… : научное издание

Ivanoshchuk D.E. и др.
2020 год

Скрининг соматических мутаций в 9 экзоне гена CALR у пациентов с Ph-негативными… : доклад, тезисы доклада

Курочкин Д.В. и др.
2021 год

Ограничение калорийности питания изменяет транскриптомный профиль клеток опухоли и лёгких мышей… : научное издание

Сергеева Е.Ю. и др.
2025 год

ИССЛЕДОВАНИЕ ДИАГНОСТИЧЕСКОГО ЗНАЧЕНИЯ ЭКСПРЕССИИ МРНК ГЕНА CREB3L1 ПРИ ХРОНИЧЕСКИХ… : научное издание

Ольховский И. А. и др.
2026 год

Анализ частоты мутаций генов NRAS и с-Kit у больных BRAF-негативной меланомой кожи : научное издание

Аксененко Мария Борисовна и др.
2016 год

Библиотечно-издательский комплекс СФУ

Похожие публикации