Библиографическое описание:СКРИНИНГ СОМАТИЧЕСКИХ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ JAK2 И CALR МЕТОДОМ АНАЛИЗА КРИВЫХ ПЛАВЛЕНИЯ С ВЫСОКИМ РАЗРЕШЕНИЕМ : научное издание / Д. В. Курочкин [и др.]. - Текст : непосредственный // Клиническая лабораторная диагностика = Klinicheskaia laboratornaia diagnostika. - 2021. - Т. 66, № 5. - С. 315-320. - ISSN 0869-2084, DOI 10.51620/0869-2084-2021-66-5-315-320.
Аннотация:Ассоциированные с онкологическими заболеваниями, в том числе с Ph-миелопролиферативными новообразованиями (Ph-МПН), соматические мутации очень разнообразны, встречаются с разной частотой и разным уровнем аллельной нагрузки. Поэтому, на начальном этапе выполнения молекулярно-генетических диагностических процедур желательно иметь возможность проведения в лаборатории скрининговых тестов. Это особенно важно, когда проводится анализ редких и разнообразных мутаций. В ряде работ для анализа Ph-МПН-ассоциированных мутаций в генах JAK2 и CALR предлагается анализ кривых плавления с высоким разрешением (HRM-анализ, high resolution melting), который имеет высокую чувствительность и подходит для скрининга всех типов мутаций. В большинстве просмотренных нами литературных источниках авторы для анализа соматических мутаций используют амплификаторы «LightCycler» (Roche) и гораздо реже амплификатор «CFX96» (Bio-Rad), который в свою очередь чаще представлен в Российских научно-практических и медицинских организациях. Цель работы - скрининг соматических мутаций в генах JAK2 и CALR методом HRM-анализа при использовании амплификатора «CFX96» и программы «Precision Melt Analysis» (Bio-Rad, США) для пациентов с диагнозом Ph-МПН. В настоящем исследовании HRM-анализ проводился на образцах ДНК от пациентов с мутациями в гене JAK2 или в гене CALR. Программа «Precision Melt Analysis» выявила все варианты анализируемых мутаций, как однонуклеотидной замены в гене JAK2 (с уровнем аллельной нагрузки в диапазоне 5-40%), так и разнообразных indel мутаций в гене CALR (с уровнем аллельной нагрузки в диапазоне 40-50%). Таким образом, HRM-анализ, выполненный на приборе «CFX96» позволяет проводить скрининг высокоспецифичных для диагноза Ph-МПН мутаций в 14 экзоне гена JAK2 и в 9 экзоне гена CALR. Включение данного скринингового исследования в алгоритм лабораторного тестирования позволяет повысить эффективность и доступность молекулярно-генетических технологий при диагностике Ph-МПН.
Somatic mutations associated with oncological diseases, including Ph-myeloproliferative neoplasms (Ph-MPN), are very diverse, occur with different frequencies and different allelic burden levels. Therefore, at the initial stage of performing molecular-genetic diagnostic procedures, it is desirable to be able to conduct screening tests in the laboratory. This is especially important when analyzing rare and diverse mutations. Analysis of high resolution melting curves (HRM analysis), which has high sensitivity and is suitable for screening all types of mutations, in a number of studies is proposed for the analysis of Ph-MPN associated mutations in the JAK2 and CALR genes. For analysis of somatic mutations in the majority of literature sources that we reviewed, the authors use the LightCycler (Roche) thermocycler and much rarely the CFX96 (Bio-Rad), which is often presented in Russian scientific and practical and medical organizations. The aim of the study was to screen the somatic JAK2 and CALR mutations by HRM analysis using the CFX96 thermocycler and the Precision Melt Analysis software (Bio-Rad, USA) for patients with Ph-MPN. In the present research, HRM analysis was conducted on the DNA samples from patients with mutations in the JAK2 or in the CALR gene. The Precision Melt Analysis software identified all variants of the analyzed mutations, both a single nucleotide substitution in the JAK2 gene (with allelic burden level in the range of 5-40%), and various indel mutations in the CALR gene (with allelic burden level in the range of 40-50%) Therefore, the HRM analysis that was conducted on the CFX96 allows screening of highly specific mutation for the diagnosis of Ph-MPN in the exon 14 of the JAK2 gene and in the exon 9 of the CALR gene. The inclusion of this screening research in the laboratory testing algorithm improves the efficiency and accessibility of molecular genetic technologies in the diagnosis of Ph-MPN.
Somatic mutations associated with oncological diseases, including Ph-myeloproliferative neoplasms (Ph-MPN), are very diverse, occur with different frequencies and different allelic burden levels. Therefore, at the initial stage of performing molecular-genetic diagnostic procedures, it is desirable to be able to conduct screening tests in the laboratory. This is especially important when analyzing rare and diverse mutations. Analysis of high resolution melting curves (HRM analysis), which has high sensitivity and is suitable for screening all types of mutations, in a number of studies is proposed for the analysis of Ph-MPN associated mutations in the JAK2 and CALR genes. For analysis of somatic mutations in the majority of literature sources that we reviewed, the authors use the LightCycler (Roche) thermocycler and much rarely the CFX96 (Bio-Rad), which is often presented in Russian scientific and practical and medical organizations. The aim of the study was to screen the somatic JAK2 and CALR mutations by HRM analysis using the CFX96 thermocycler and the Precision Melt Analysis software (Bio-Rad, USA) for patients with Ph-MPN. In the present research, HRM analysis was conducted on the DNA samples from patients with mutations in the JAK2 or in the CALR gene. The Precision Melt Analysis software identified all variants of the analyzed mutations, both a single nucleotide substitution in the JAK2 gene (with allelic burden level in the range of 5-40%), and various indel mutations in the CALR gene (with allelic burden level in the range of 40-50%) Therefore, the HRM analysis that was conducted on the CFX96 allows screening of highly specific mutation for the diagnosis of Ph-MPN in the exon 14 of the JAK2 gene and in the exon 9 of the CALR gene. The inclusion of this screening research in the laboratory testing algorithm improves the efficiency and accessibility of molecular genetic technologies in the diagnosis of Ph-MPN.
