1. Главная
  2. Ресурсы
  3. Библиотечный поиск
Applying jointtheoreticalexperimental researchto aptamer modeling :научное издание Shchugoreva Irina A.Artyushenko Polina V.Tomilin Felix N.2021 год

Applying joint theoretical experimental research to aptamer modeling : научное издание
статья из журнала

Дополнительные ссылки: eLibrary · Scopus
База данных: Каталог библиотеки СФУ
Библиографическое описание: Applying joint theoretical experimental research to aptamer modeling : научное издание / Irina A. Shchugoreva [et al.]. - Текст : непосредственный // Сибирское медицинское обозрение = Siberian Medical Review. - 2021. - № 2. - P. 105-106. - ISSN 1819-9496. - ISSN 2500-0136, DOI 10.20333/2500136-2021-2-105-106.
Аннотация: The aim of the research. In this work we studied the structure of LC-18 DNA aptamer, which exhibits specific binding to lung adenocarcinoma cells. Obtaining the 3D structure of the aptamer is necessary for understanding the mechanism of binding of the aptamer to the target. Therefore, the aim of the research was modeling of the LC-18 aptamer spatial structure using combination of theoretical methods: DNA folding tools, quantum-chemical calculations and molecular dynamic simulations. Material and methods. The secondary structure of the LC-18 aptamer was predicted by using OligoAnalyzer and MFold online software under the conditions typical small-angle X-ray scattering (SAXS) experiment. The molecular modeling of the aptamer was carried out using the Avogadro program. For prediction of the structure two computational methods were used: quantum-mechanical method with third-order density-functional tight-binding (DFTB3) and molecular dynamics (MD) with force fields. Results. In this paper it was shown that molecular simulations can predict structures from the SAXS experiments. OligoAnalyzer and MFold web servers have been used to generate a set of several likely models. However, more accurate calculations have showed that these models do not predict the relative importance of isomers. Meanwhile, application of quantum-chemical and molecular dynamics calculations have showed reliable molecular structures which have a small deviations from the experimental SAXS curves. Conclusion. This study demonstrates the approach for modeling 3D structures of DNA-aptamers in solution using both experimental and theoretical methods. It could be very helpful in designing more efficient aptamers based on results obtained from molecular simulations.
Год издания: 2021
Авторы: Shchugoreva Irina A. , Artyushenko Polina V. , Tomilin Felix N. , Morozov Dmitry I. , Mironov Vladimir A. , Moryachkov Roman V. , Kichkailo Anna.S.
Издательство: Красноярский государственный медицинский университет им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого, Красноярск
Источник: Сибирское медицинское обозрение
Выпуск: № 2
Номера страниц: 105-106
Держатель оригинала документа: Federal Research Center "Krasnoyarsk Science Center SB RAS”, Kirensky Institute of Physics, Lomonosov Moscow State University, Siberian Federal University, University of Jyvaskyla
Количество экземпляров:
Твёрдая копия издания отсутствует в фонде библиотеки

Похожие публикации

Applying jointtheoreticalexperimental researchto aptamer modeling Shchugoreva I.A.Artyushenko P.V.Tomilin F.N.2021 год

Applying joint theoretical experimental research to aptamer modeling : научное издание

  • Shchugoreva I.A. и др.
  • 2021 год
The role of SAXS andmolecular simulationsin 3D structureelucidation of a DNAaptamer against lungcancer Morozov DmitryMironov VladimirMoryachkov Roman V.2021 год

The role of SAXS and molecular simulations in 3D structure elucidation of a DNA aptamer against… : статья из журнала

  • Morozov Dmitry и др.
  • 2021 год
Using ComputerModeling andExperimental Methodsto Screen forAptamers That Bind tothe VV-GMCSF-LACTVirus Dymova MayaVasileva NataliaMalysheva Daria2024 год

Using Computer Modeling and Experimental Methods to Screen for Aptamers That Bind to the VV-GMCSF… : статья из журнала

  • Dymova Maya и др.
  • 2024 год
Метод малоугловогорентгеновскогорассеяния вприменении кбиологическиммакромолекулам Морячков Р.В.Спиридонова В.А.Заблуда В.Н.2016 год

Метод малоуглового рентгеновского рассеяния в применении к биологическим макромолекулам : статья из журнала

  • Морячков Р.В. и др.
  • 2016 год
StructureDetermination of thePb2+-specific GTAptamer Using SAXSand MolecularModeling Methods Artyushenko Polina V.Shchugoreva Irina A.Berlina Anna N.2024 год

Structure Determination of the Pb2+-specific GT Aptamer Using SAXS and Molecular Modeling Methods : статья из журнала

  • Artyushenko Polina V. и др.
  • 2024 год
Computationalapproach to design ofaptamers to thereceptor bindingdomain of SARS-CoV-2 Artyushenko Polina V.Mironov Vladimir A.Morozov Dmitry I.2021 год

Computational approach to design of aptamers to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 : научное издание

  • Artyushenko Polina V. и др.
  • 2021 год
Rational Optimizationof an AptamerSpecific to theSurface ofLung-Cancer CellsUsing MathematicalModeling and… Artyushenko P.V.Shchugoreva I.A.Kolovskaya O.S.2024 год

Rational Optimization of an Aptamer Specific to the Surface of Lung-Cancer Cells Using… : статья из журнала

  • Artyushenko P.V. и др.
  • 2024 год

Structure Determination of the Pb2+-specific GT Aptamer Using SAXS and Molecular Modeling Methods : статья из журнала

  • Artyushenko Polina и др.
  • 2024 год

Показать ещё

Non-Catalytic Aerobic Oxidation of Glucose into Gluconic Acid in an Alkaline Environment:… : статья из журнала

  • Shor A. M. и др.
  • 2025 год
Structure andVibrationalSpectroscopy of C82Fullerenol ValentIsomers: AnExperimental andTheoretical JointStudy Tomilin Felix N.Artyushenko Polina V.Shchugoreva Irina A.2023 год

Structure and Vibrational Spectroscopy of C82 Fullerenol Valent Isomers: An Experimental and… : научное издание

  • Tomilin Felix N. и др.
  • 2023 год
Новые подходы кмолекулярному дизайнуаптамеров Щугорева И.А.Хегай С.А.Томилин Ф.Н.2016 год

Новые подходы к молекулярному дизайну аптамеров : статья из журнала

  • Щугорева И.А. и др.
  • 2016 год
МОДЕЛИРОВАНИЕСТРУКТУРДНК-АПТАМЕРОВ К РАКУЛЕГКОГО Комаров Д.С.2022 год

МОДЕЛИРОВАНИЕ СТРУКТУР ДНК-АПТАМЕРОВ К РАКУ ЛЕГКОГО : доклад, тезисы доклада

  • Комаров Д.С.
  • 2022 год
Structure- andInteraction-BasedDesign ofAnti-SARS-CoV-2Aptamers Mironov V.Shchugoreva I.A.Artyushenko P.V.2022 год

Structure- and Interaction-Based Design of Anti-SARS-CoV-2 Aptamers : статья из журнала

  • Mironov V. и др.
  • 2022 год
Bioluminescentaptamer-basedsolid-phasemicroassay to detectlung tumor cells inplasma Bashmakova Eugenia E.Krasitskaya Vasilisa V.Zamay Galina S.2019 год

Bioluminescent aptamer-based solid-phase microassay to detect lung tumor cells in plasma : статья из журнала

  • Bashmakova Eugenia E. и др.
  • 2019 год
Vector modeling inpedagogical researchon problems ofphysical educationand sports Manzheley I.V.Zagrevskaya A.I.2024 год

Vector modeling in pedagogical research on problems of physical education and sports : статья из журнала

  • Manzheley I.V. и др.
  • 2024 год
Computationalapproach to design ofaptamers to thereceptor bindingdomain of SARS-CoV-2 Artyushenko P.V.Mironov V.A.Morozov D.I.2021 год

Computational approach to design of aptamers to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 : научное издание

  • Artyushenko P.V. и др.
  • 2021 год