Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina : регистрация программы для ЭВМ

Шаров Вадим Витальевич; Путинцева Юлия Андреевна; Кузьмин Дмитрий Александрович

Дополнительные ссылки: eLibrary

База данных: Каталог библиотеки СФУ

Библиографическое описание: Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina : регистрация программы для ЭВМ / В. В. Шаров, Ю. А. Путинцева, Д. А. Кузьмин ; патентообладатель Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Сибирский федеральный университет» (СФУ). - № 2015618718 ; Заявл. 23.09.2015. - [Б. м. : б. и.], 2015. - Б. ц. - Текст : непосредственный.

Аннотация: Программный комплекс предназначен для определения размера библиотек (insert size) парных ридов (англ. reads), как paired-end так и matepair, полученных с секвенатора Illumina второго поколения. Программный комплекс использует для своей работы набор программных утилит с открытым кодом, таких как Bowtie 2, BWA, Samtools, GNUPLOT. Область применения - анализ геномных данных. Программа позволяет: работать с файлами последовательностей ридов в формате *.fastq или *.fasta совместно с файлами последовательностей генома в формате *.fasta; генерировать график и гистограмму, с помощью которых можно визуально определять, какого размера была получена библиотека после процесса секвенирования; вычислять расстояния (в целочисленном формате) между всеми парными ридами, которые выравнивались на геном, и записывать их в файл. Производить ограниченную пользователем по размеру выборку значений из всех расстояний, сортировать и записывать в отдельный файл для последующей визуализации; формировать статистический отчет и отчет об ошибках.

Год издания: 2015

Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович

Авторский коллектив: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Сибирский федеральный университет» (СФУ)

Держатель оригинала документа: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Сибирский федеральный университет» (СФУ)

Количество экземпляров:

Твёрдая копия издания отсутствует в фонде библиотеки

Показать дополнительные сведения

Комплекс предобработки ридов NGS : регистрация программы для ЭВМ

Шаров Вадим Витальевич и др.
2017 год

Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию : регистрация программы для ЭВМ

Шаров Вадим Витальевич и др.
2015 год

Программный комплекс фильтрации повторяющихся последовательностей (рипитов) в ридах… : регистрация программы для ЭВМ

Цыбин Александр Николаевич и др.
2015 год

Правовая культура и антикультура как парные юридические категории : статья из журнала

Малько А. В.
2021 год

МОДЕЛЬ ПАРНОЙ НЕЛИНЕЙНОЙ РЕГРЕССИИ : научное издание

Гусева Юлия Вячеславовна и др.
2018 год

Метод парных сравнений в SWOT анализе как инструмент выбора стратегических альтернатив : научное издание

Паркаев Павел Сергеевич и др.
2020 год

Программа для индексирования геномных последовательностей большого размера методом … : регистрация программы для ЭВМ

Шаров Вадим Витальевич и др.
2016 год

Программный комплекс для объединения результатов поиска SNP в геномах : регистрация программы для ЭВМ

Шаров Вадим Витальевич и др.
2018 год

Библиотечно-издательский комплекс СФУ

Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina : регистрация программы для ЭВМ
патент

Похожие публикации